2009年全国开放式分布与并行计算学术年会会议论文《基于FPGA的分子动力学模拟系统设计》提出了一种利用FPGA实现分子动力学模拟的方法。该系统通过硬件加速技术提升模拟效率，降低计算延迟，适用于复杂分子体系的高效仿真。论文详细阐述了系统架构、算法优化及FPGA实现方案，为高性能计算在生物与材料科学中的应用提供了新思路。
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